En 1998 asume la dirección el Sr. Gilberto Cieza de León Rojas quien gestiona el cambio de colegio particular a parroquial. Desde 1999, contamos con el apoyo del Estado a través de plazas docentes y toma el nombre de Colegio Parroquial Hno. Noé Zevallos Ortega. Desde el año 2002 hasta 2005 el colegio fue dirigido por el profesor Manuel Ríos Ríos. Para entonces ya el colegio tenía ganado prestigio al lograr el pronto ingreso a las universidades nuestros egresados. La Pontificia Universidad Católica del Perú nos incorpora a la condición de colegio preferencial en el ingreso debido al buen rendimiento de nuestros alumnos.
El año 2006, el colegio fue dirigido por el profesor Juan Manuel Rojas Pérez. En 2007, el promotor tomó la decisión de no inscribir alumnos para el primer grado de primaria lo que generó pánico en las familias quienes optaron por retirar a sus hijos ante la eventual desaparición del colegio.